■1903年（明治36年）2月、「基督教会（ディサイプルス）」宣教師ハーヴェイ・ヒューゴ・ガイ博士は、本郷森川町基督教会を仮校舎として聖学院神学校を開設し、次いで東京府北豊島郡滝野川村字中里に用地を購入して、校舎の建築を始めました。ガイ博士は、校舎の完成に先だった1904年3月頃から、滝野川にあった自宅で、学校関係者や神学生のための日曜礼拝や祈祷会を始めました。1904年（明治37年）9月、校舎が完成し、神学校がここで授業を始めると同時に、校長宅で開かれていた集会も神学校内に移されて、聖学院神学校内滝野川基督（キリスト）教会が発足しました。これが私たちの教会の始まりでした。
■当時、敷地内には、美しく大きな樹木、もみや杉、松やけやき、そして樹齢300年を経た椎の老木が幾本も残っていて、地元では「椎の木屋敷」と呼ばれていました。教会は当初、牧師をおかず、礼拝説教は神学校の教職が分担し、日曜夜の伝道集会や日曜学校は神学生が分担していました。教会は神学生たちの伝道実習場でもありましたが、その中心的役割を担ったのは、聖学院神学校の教授で、後に聖学院中学校の初代校長となった、石川角次郎牧師でした。その後、1906年（明治39年）9月には、同地に聖学院中学校が開校され、また1907年（明治40年）11月には、1905年に築地で開設された女子聖学院が、隣接地に移転してきました。
■女子聖学院の校舎ができてから、教会の主日礼拝は女子聖学院の講堂で行われ、教会外の方も出席できるようになりました。聖学院諸学校の規模が大きくなるにつれ、教会諸集会への出席者が増加するとともに、近隣の学生や一般の方々も、石川角次郎牧師の聖書研究会に出席するようになりました。また当時の日曜学校（現在の教会学校）は、教会青年と女子神学生たちによって行われていました。
■1911年（明治44年）11月、当時女子聖学院の教頭でもあった平井庸吉牧師を、はじめての牧師として迎えました。それまでは定まった牧師もなく、いわば学校関係者を中心とした信徒の一団でしかなかった教会が、教会としての組織をなしたのは、この時期からでした。また1914年（大正3年）11月、聖学院の敷地の中心に聖学院神学校の校舎が新築され、それ以降、この建物が教会の会堂と日曜学校の教室になりました。
■当時、教会は学校の中にありましたが、この頃、教会の主力は一般住民の伝道に注ぐようにしたい、との伝道方針がまとめられ、また同時に、この計画を実施するためには、専任の牧師を持つべきである、ということが認識されるようになりました。この方針に基づいて、1926年（大正15年）5月、教会は友野三恵牧師を専任牧師として迎えることになり、また時を同じくして、学院の外に、小さい会堂を、自力で建てることになりました。
■教会は、東京市滝野川区中里町316番地、田端荘の裏に約100坪の土地を借り受け、この土地に、木造平屋建ての教会堂と2階建ての牧師館を建て、「町の教会」として歩むことになりました。献堂式は、1932年（昭和7年）11月27日に、180名参集のもと行われました。教会が学院外に出たことに伴い、同年12月から、聖学院・女子聖学院両校は、学校内において、主日礼拝や日曜学校を始めました。これが学校礼拝として整えられていき、1938年（昭和13年）には、聖学院教会として組織化されました。なお、その後聖学院教会は、1943年（昭和18年）4月、政府の学校教会解散令により閉鎖され、他教会に転会を希望する者以外は、すべて滝野川教会へ移籍されることになりました。
■1939年（昭和14年）1月、友野三恵牧師の大阪天王寺教会への転任に伴い、同年5月、教会は千葉儀一牧師を迎えました。またこの年、東京府の道路拡張計画に伴い、会堂と牧師館は6月末までに移転しなければならなくなりました。移転先として、東京府滝野川区田端町56番地に225坪の土地を購入し、木造平屋建て（一部2階建て）の教会堂と、2階建ての牧師館を建てました。1939年（昭和14年）12月10日午後、新会堂献堂式が行われました。工事中、日曜学校は女子聖学院で、主日礼拝と祈祷会は田端町の千葉儀一牧師宅で行われました。
■1945年（昭和20年）3月下旬、鉄道から50m以内の家屋は強制疎開を命ぜられます。鉄道線路に近かった教会は、女子聖学院幼稚園に引っ越すことになりました。その後、4月13日夜から翌日にかけてあった城北大空襲により、教会堂、牧師館ともに焼失しました。聖学院・女子聖学院両校の校舎は戦災を免れたため、千葉儀一牧師は女子聖学院内に住み、幼稚園で主日礼拝や諸集会を続けました。
■戦後しばらく、教会は仮住まいの幼稚園で諸集会を続けました。焼失した田端の会堂跡地は緑地帯になるため、再利用が不可能となり、教会では別地を探しました。1948年（昭和23年）7月、上中里7番地（現在の場所）に205坪の土地を購入し、そこに65坪176名の集会が可能な会堂と、21坪の牧師館の建築工事が始められました。建築は年末までに完成し、翌1949年（昭和24年）1月9日午後、献堂式が行われました。
■この会堂は、増改築を繰り返しながら1989年のクリスマスまで使用されましたが、礼拝出席者の増加に伴い手狭となったため、建築家遠藤楽氏設計による現会堂に建て替えられました（1991年3月落成、同年5月26日午後献堂式）。その後、教会創立百周年を記念して、同じく遠藤楽氏設計による百周年記念館が隣接地に建築され（2004年2月落成、同年4月11日午後献堂式）、現在に至ります。
■その間、1963年（昭和38年）3月に千葉儀一牧師引退の後、主任牧師としては、大木英夫牧師（1963年4月～2000年3月）、深井智朗牧師（2000年4月～2012年3月）、阿久戸光晴牧師（2012年4月～2018年3月）、西之園路子牧師（2018年4月～2019年3月）が歴任し、また担任教師として多くの伝道者が仕えてこられました。現在は、東野尚志牧師（2019年6月～）、ひかり牧師（2020年4月～）ご夫妻が、牧会を行っています。
