滝野川教会のオルガンは、日本キリスト教界の代表的女性指導者のひとりであった宗像正子先生を記念して、宗像先生の長男宗像善敬氏より寄贈されたものです。オルガン設計、組み立てにあたった草苅徹夫氏は、宗像善敬氏の甥にあたります。

 パイプオルガンは、主に教会学校の礼拝で使用しているポジティフオルガンがあります。これは当教会の教会員である、市川和子氏より2010年の宗教改革記念日に寄贈されたもので、木村オルガン工房の木村秀樹氏の製作です。